BAB II 
                                                            TINJAUAN PUSTAKA 
                             
                            2.1.    Isolasi dan Identifikasi Bakteri 
                            2.1.1.  Isolasi Bakteri 
                                    Mikroorganisme  pada  suatu  lingkungan  alami  merupakan  populasi 
                            campuran  dari  berbagai  jenis  baik  mikroorganisme  pada  tanah,  air,  udara, 
                            makanan, maupun yang terdapat pada tubuh hewan dan tumbuhan. Pemisahan 
                            mikroorganisme  diperlukan  untuk  mengetahui  jenis,  mempelajari  kultural, 
                            morfologi,  fisiologi,  karakteristik  mikroorganisme  tersebut.  Teknik  pemisahan 
                            tersebut disebut isolasi yang disertai  dengan pemurnian (Irianto, 2006). Isolasi 
                            merupakan rankaian proses pemisahan mikroorganisme agar didapatkan kultur 
                            murni (isolat). Isolat-isolat tersebut kemudian ditumbuhkan pada medium terpisah 
                            agar  dapat  tumbuh  dengan  baik.  Medium  pertumbuhan  bakteri  pertumbuhan 
                            bakteri harus diperbaharui setiap 6 bulan agar sumber nutrisi bagi bakteri tetap 
                            terpenuhi sehingga bakteri tidak mengalami kematian. 
                                    Menurut  Cappucino  &  Sherman  (1987)  teknik  isolasi  bakteri  yang 
                            digunakan yaitu dengan dilution method. Dilution methode adalah pengenceran 
                            bertingkat yang terbagi menjadi 3 macam teknik isolasi, yaitu: 
                                1.  streak  plate  technique,  merupakan  metode  isolasi  kualitatif  dengan 
                                    menggoreskan  mikroorganisme  yang  diambil  atau  kultur  bakteri  diatas 
                                    permukaan medium padat dengan menggunakan jarum inokulasi.  
                                                                          4 
                             
                                                                              Isolasi Dan Identifikasi..., Vika Lawnia, FKIP UMP, 2017
                                                                5 
                
                 2.  Spread plate technique, merupakan teknik isolasi yang dilakukan dengan 
                   cara  meratakan  enceran  campuran  mikroorganisme  diatas  permukaan 
                   mediun padat secara seteril.  
                 3.  Pour plate technique,  merupakan teknik isolasi  yang dilakukan dengan 
                   membuat pengenceran secara berturut-turut dengan menggunakan jarum 
                   inokulasi  dan  pipet.  Selanutnya  senceran  tersebut  dicampurkan  dengan 
                   medium agar dan dibiarkan sampai padat. 
               2.1.2.  Identifikasi Bakteri 
                   Mengetahui  suatu  jenis  mikroorganisme  diperlukan  adanya  identifikasi. 
               Identifikasi merupakan upaya untuk mengetahui nama suatu makhluk hidup dalam 
               suatu kelompok tertentu berdasarkan karakteristik persamaan dan perbedaan yang 
               dimiliki  oleh  masing-masing  makhluk  hidup.  Identifikasi  mikroorganisme 
               dilakukan  dengan  membandingkan  ciri-ciri  yang  ada  pada  satuan  yang  belum 
               diketahui dengan satuan-satuan yang sudah dikenal. Identifikasi mikroorganisme 
               yang  baru  diisolasi  memerlukan  perincian,  deskripsi,  dan  perbandingan  yang 
               cukup dengan deskripsi yang telah dipublikasikan untuk jasad-jasad renik lain 
               yang serupa (Pelezar & Chan, 1989).  
                   Proses identifikasi dilakukan dengan cara pengamatan terhadap organisme 
               tersebut baik secara morfologi maupun fisiologi. Pengamatan secara morfologi 
               dapat meliputi bentuk koloni, struktur koloni, bentuk sel, ukuran sel, bentuk flagel 
               dan pewarnaan endospore dari bakteri. Pengamatan secara fisiologi yaitu meliputi 
               uji biokimia. Identifikasi bakteri juga dapat dilakukan dengan cara indentifikasi 
               secara  genetik,  yaitu  dengan  metode  PCR  (polymerase  chain  reaction)  yaitu 
                                         Isolasi Dan Identifikasi..., Vika Lawnia, FKIP UMP, 2017
                                                                6 
                
               dengan mengekstrak DNA bakteri kemudian di perbanyak dan dielekroforesis. 
               Hasil  elektroforesis  akan  menunjukan  karakteristik  dari  DNA  yang  dimiliki 
               (Suryanto, 2004). 
                   Pengamatan  morfologi  dapat  dilakukan  secara  makroskopis  dan 
               mikroskopis. Pengamatan secara makroskopis dapat dilakukan dengan mengamati 
               bentuk koloni yaitu berbentuk bulat, tak berbentuk, sperti akar, dan filamen. Tepi 
               koloni bakteri yang terdiri dari bentuk tepi koloni utuh, halus, berombak dangkal, 
               dan berombak dalam. Elevasi koloni bakteri terdiri dari elevasi rata, cembung 
               rendah  dan  cembung  tinggi  dengan  permukaan  koloni  halus  atau  kasar. 
               Pengamatan  morfologi  bakteri  secara  mikroskopis  dapat  dilakukan  dengan 
               mengamati  bentuk  sel  bakteri,  ukuran  bakteri,  pewarnaan  endospora,  dan 
               pewarnaan Gram (Cappucino & Sherman, 1987). 
               Pengamatan fisiologi bakteri dilakukan dengan cara uji biokimia. Uji biokimia 
               yang biasa dilakukan yaitu pengujian fermentasi karbohidrat (untuk mengamati 
               kemampuan bakteri dalam memfermentasikan karbohidrat), pengujian Metyl red 
               (untuk  mengetahui  kemampuan  bakteri  dalam  menghasilkan  asam),  pengujian 
               Vogest  Paskauer  (untuk  mengetahui  kemampuan  bakteri  dalam  menghasilkan 
               acetumetyl carbinol dan fermentasi glukosa), pengujian indol (untuk mengathui 
               kemampuan  bakteri  dalam  menghasilkan  indol),  pengujian  oksidase  (untuk 
               mengetahui kemampuan bakteri dalam memproduksi enzim oksidase), pengujian 
               HS (untuk mengatahui kemampuan bakteri dalam memproduksi H S), pengujian 
                2                                       2
               6mylase  (untuk  mengetahui  kemampuan  bakteri  menghidrolisis  amilum), 
               pengujian katalase (untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghasilkan 
                                         Isolasi Dan Identifikasi..., Vika Lawnia, FKIP UMP, 2017
                                                                                                                               7 
                              
                             enzim katalase), pengujian protease (untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam 
                             menghidrolisis protein) ( Cappucino & Sherman, 1987). 
                             2.2.     Kotoran sapi                              
                                      Kotoran sapi merupakan hasil dari sisa proses pencernaan yang merupakan 
                             limbah ternak. Limbah ternak banyak dimanfaatkan sebagai pupuk dalam bidang 
                             pertanian. Pemanfaatan tersebut belum sepenuhnya maksimal karena masih dapat 
                             menimbulkan beberapa masalah lingkungan, seperti pencemaran udara, air, dan 
                             dapat menyebabkan efek rumah kaca. Penumpukan limbah perternakan sampai 
                             dengan  kapasitas  tertentu  akan  menimbulkan dampak  negatif  antara  lain  
                             peningkatan  polusi mikroba patogen sehingga dapat mengakibatkan pencemaran 
                             lingkungan (Yazid  &  Aris,  2011 dalam Wati, 2014). Limbah kotoran sapi yang 
                             dihasilkan oleh rumah ternak pada umumnya berjumlah sangat banyak. Satu ekor 
                             sapi  dewasa  dapat  menghasilkan  23,59  kg  kotoran  tiap  harinya  (Rahayu,  dkk. 
                             2009). 
                                      Kotoran  sapi  dikeluarkan  dalam  bentuk  fases  maupun  urin.  Fases  sapi 
                             merupakan hasil  dari  sisa  makanan  yang  tidak  dapat  dicerna  oleh  tubuh  yang 
                             terdiri dari atas serat-serat tumbuhan yang tidak dapat tetrurai. Sisa-sisa makanan 
                             inilah  yang  dimanfaatkan  sebagi  pupuk  organik  yang  dapat  membantu 
                             menyuburkan tanaman (Haryati, 2006).  
                             2.3.     Biogas  
                                      Teknologi biogas bukanlah merupakan teknologi   baru   di Indonesia,  
                             sekitar  tahun   1980-an  sudah  mulai  diperkenalkan namun  sampai  saat  ini  
                             belum  mengalami  perkembangan  yang bagus (Putri, 2014).   Biogas dapat  
                                                                                  Isolasi Dan Identifikasi..., Vika Lawnia, FKIP UMP, 2017